炭疽菌は非常に取り扱いやすく、発芽するまでは各種薬品や紫外線などに対する耐性も非常に強い。
しかも肺に感染する肺炭疽にかかった場合には致死率が90%前後に達する。その為炭疽菌は従来より生物兵器の代表格とされており2001年には実際にアメリカでテロに使用され、死者を出している。日本でも1993年にオウム真理教が東京都江東区亀戸の新東京総本部（登記上の主たる事務所でもあった）で実際に噴霧している。死傷者こそ出さなかったものの悪臭が周辺に漂う騒動となった（亀戸異臭事件）。
自然界において炭疽菌への感染は炭疽菌が含まれる土壌などにふれることで感染することが一般的である。この場合炭疽菌は皮膚に感染（皮膚炭疽）するが、この皮膚炭疽は治療を行わなかった場合でも致死率は約20%、適切な治療を受ければ約1%まで下げることが可能で、それほど問題はない。
兵器として使用する場合は、皮膚炭疽では威力不足であるため、空気中に散布し、肺に感染させる必要があるが、エアロゾル化にはある程度の技術力が必要である。
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炭疽菌に有効なワクチンは存在するが接種に手間がかかる。しかもそれでも1年ほどしか効果がないといわれ、弱いながらも副作用が発生する可能性も比較的高い。そのため一般的には使用されていない。
炭疽菌の兵器としての欠点は感染力が弱いことで、人から人へ感染することはない。