自由意志の問題は自由と因果との関係、そして自然法則は因果的に決定しているのかどうかという、原理的あるいは本質的な問いであり、宗教的、倫理的そして科学的原理の絡み合いから成っている。例えば、宗教特にキリスト教やイスラム教などの一神教において、自由意志を認めることは、万能であるはずの神がその力を個々の意志に及ぼすことができないという宣言となるため、このような神はもはや万能とはいえなくなる（この矛盾を解決するために神学上のの諸説が作られてきた）。また、倫理学においては、自由意志は、個々人は自身の行為に対して道徳的な説明義務を負っているとするが、意志が自分の自由にならないのであれば、意志を原因として発生する行為、さらに結果についても、いかなる責任も問うことはできなくなってしまう。
このように自由意志について考えると、それを認めても、認めなくても思想上不都合な点があぶりだされる事が多い。
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自由意志の問題は、哲学的思索が始まって以来、中心的な論点であった。一方、現代の脳科学の進展によって意志の形成過程が解明されつつあり、もはや自由意志を形而上学上の課題として片付けることは許されない段階に来ている。 科学の領域において自由意志を主張することは、脳と思考を含む身体の動作が物理的な因果律によって完全に規定されているわけではないということとほぼ同等であるが、「物理的な因果律ではない別の何か」とは一体何なのかについて具体的な説明は、現段階では乏しい。